pibase | pibase step 2 | pibase_consensus example: 1000 Genomes NA12878 SOLiD chr22
The tab-separated text file (above, and in full detail below) shows example output from pibase_consensus.
The file is identical to a pibase_bamref file, except that the following additional columns are inserted:
Columns 8 to 21 (H to U) contain inferred genotypes, where the "BestGen" genotype is the best estimate and the "BestQual" is a quality measure ("?" if the BestGen estimate is considered poor).
The "A+-" and "B+-" columns show whether the "BestGen" genotype is supported by both strands. For non-diploid genotypes, these columns are empty and a warning is issued at run time.
Columns 22 to 31 (V to AE) summarise the reads supporting A, C, G, T (separated by ":") for each of the 5 groups, for unique start points ("SP") and coverages ("CV").
Columns 32 and 33 (AF and AG) indicate whether a homologous region and/or a hypervariable region was detected at this coordinate (which requires sufficient coverage).
# Estimate of Best Genotype and its quality (BestQual tag), for consensus of pibase-generated Position Info Files (1-based coordinates) # Generated by pibase_consensus v1.4.5 from files # output/NA12878_SOLID.txt # Using coverage thresholds t1=0.022 t2=8, unique start point thresholds t3=0.04 t4=4, and both-strand-confirmation threshold t5=0.2 # Using unique start point differences t6=0.022 t7=2 between filter levels F3-F2 resp. F4-F3 for flagging hypervariable loci resp. homologous loci # # Reference sequence file: hg19.1000G.quick.fasta # Mapping of pibase-chromosome-number to chromosome/contig name: # Positions of interest taken from file: hg19_chr22_genomic_coords_of_interest.txt # Max fragment length considered: 50 bases # Base quality value threshold QVmin= 20 # Mapped-length-of-read threshold MLmin= 34 bases # Mismatch-in-read threshold MMmax= 1 # Read-mapping quality value threshold RQVmin= 20 # Column "Ign" denotes number of ignored reads due to indels (usually bad mapping!) # Column "RefSeqcontext" denotes the poi-Refbase and the +-6 Refbases # Column "Class" denotes context class (e.g. stretches or STRs) # # Date: 2012_05_22__16:00:27 # # Column "BestGen" is the best estimate of the genotype using all filter levels, coverages, and start points # Column "BestQual" contains a "?" if the genotype estimate is of low quality, followed by a number from 1 (slight quality loss) to 8 (low coverage guess) # Columns "A+-" (allele 1) and "B+-" (allele 2) contain "+-" if both strands support the allele (strand defined as supported if reads on "minor" strand <= 0.2 * reads on "major" strand), otherwise just "+" or "-" # Column "Homologous" contains "H" if the coordinate lies in a region of the reference sequence where some reads have not mapped uniquely # Column "Hypervariable" contains "V" if the coordinate lies in a hypervariable region, where there is more than 1 mismatch per read. # # Consensus Genotype Reads MapQV>RQVmin and MM<=MMmax and Read>MLmin and BaseQVs>=QVmin MM<=MMmax and Read>MLmin and BaseQVs>=QVmin Read>MLmin and BaseQVs>=QVmin BaseQVs>=QVmin No QV-Filtering # Best Filt4 Filt3 Filt2 Filt1 Filt0 Filt4 Filt3 Filt2 Filt1 Filt0 Unique start points (on +- strands) Coverage Unique start points (on +- strands) Coverage Unique start points (on +- strands) Coverage Unique start points (on +- strands) Coverage Unique start points (on +- strands) Coverage # C Pos[1] Ref RefSeqContext GC[%] Class Ign BestGen BestQual A+- B+- SP CV SP CV SP CV SP CV SP CV SP CV SP CV SP CV SP CV SP CV Homologous Hypervariable A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- A+ A- C+ C- G+ G- T+ T- N+ N- 22 17662444 C TTTTCT[C]ACTCTC 38 5 2 CC ?8 +- +- CC CC CC CC CC CC CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:4:0:0 0:4:0:0 0:7:0:0 0:7:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0 0 0 22 17662793 A GAAATC[A]TAGGAC 38 1 1 AA ?7 - - AA AA AA AA 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 3:0:0:0 3:0:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 22 17669306 T TAGTCA[T]GCAAGG 46 1 1 TT ?7 +- +- TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT 0:0:0:3 0:0:0:3 0:0:0:3 0:0:0:3 0:0:0:4 0:0:0:4 0:0:0:6 0:0:0:6 0:0:0:7 0:0:0:7 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 0 22 19958811 C CCTGAC[C]GCGGGC 84 1 1 CC ?7 + + CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 22 19958829 G GGGCCC[G]GGGGGA 92 9 2 GG ?8 - - GG GG 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 22 19968971 G GGGCCT[G]GGCCAA 76 1 1 GG ?7 - - GG GG 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 22 19969075 A ACCCCC[A]CTGCTG 69 8 3 AA ?8 +- +- AA AA 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 3:0:0:0 3:0:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 22 19969106 A GTGGCC[A]CTGGGC 76 1 0 AA ?7 - - AA AA 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 22 19969495 G GGATGT[G]ACAATA 38 1 3 GG +- +- GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG 0:0:2:0 0:0:3:0 0:0:2:0 0:0:3:0 0:0:2:0 0:0:3:0 0:0:6:0 0:0:8:0 0:0:8:0 0:0:11:0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 6 5 0 0 0 0 22 22318538 C CCGTGT[C]GGCCCA 76 1 1 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 22318671 G CATGGC[G]TGCTGC 69 1 1 GG ?7 +- +- GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:4:0 0:0:4:0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 22 23503121 G GCAGTC[G]GTGCTG 69 1 2 AA ?7 - - AA AA GG GG 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:2:0 1:0:2:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 22 23503170 A GTCGGC[A]ATGGAG 61 1 4 AA ?7 - - AA AA 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 22 24579503 T GACTCC[T]CCGGGC 76 1 1 TT ?7 +- +- TT TT TT TT 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:1 0:0:0:1 0:0:0:4 0:0:0:4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 22 24582041 A CATTCA[A]TGGGCG 53 1 1 AA +- +- AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA 2:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 10:0:0:0 10:0:0:0 11:0:0:0 11:0:0:0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 7 4 0 0 0 0 0 0 0 0 7 4 0 0 0 0 0 0 0 0 22 30823196 T GGTGAC[T]GTGGCT 61 1 0 CC ?7 + + CC CC CC CC CC CC 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:1 0:1:0:1 0:1:0:1 0:1:0:1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 22 30823250 G CATTCC[G]GGCTTC 61 1 1 GG ?7 + + GG GG 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:3:0 0:0:3:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 22 30856121 G CGAAGC[G]TAGGAC 61 1 4 GG ?7 +- +- GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:4:0 0:0:5:0 0:0:6:0 0:0:7:0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 0 0 0 22 30857373 A TAGAAC[A]TCTGTC 38 1 3 AC ?7 +- +- CC CC CC CC CC CC CC CC AC AC 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 3:2:0:0 3:2:0:0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 22 30857448 A CGCACC[A]TCAGAT 53 1 2 AA ?7 +- +- AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA 1:0:0:0 2:0:0:0 1:0:0:0 2:0:0:0 1:0:0:0 2:0:0:0 5:0:0:0 6:0:0:0 6:0:0:0 7:0:0:0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 22 30860830 C TTCCTG[C]GAGTGT 53 1 2 CC ?7 +- +- CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:3:0:0 0:3:0:0 0:4:0:0 0:6:0:0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 22 30864610 A GGCCCA[A]TGATGT 53 1 3 AA ?7 +- +- AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 4:0:0:0 4:0:0:0 4:0:0:0 4:0:0:0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 22 30864627 G CCACAC[G]GGGCAG 76 4 2 GG ?7 +- +- GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:6:0 0:0:7:0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 3 0 0 0 0 22 30951948 G GGTGCT[G]CTGGCC 76 1 0 GG +- +- GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:6:0 0:0:6:0 0:0:7:0 0:0:8:0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 22 30953280 C GGGGCA[C]GGCATA 69 4 6 CC ?7 - - CC CC CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 22 30953295 C AGTACA[C]CAGCAG 53 1 4 TT ?7 - - TT TT TT TT 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:2 0:0:0:2 0:0:0:2 0:0:0:2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 22 31487701 C ACTCAG[C]ACCAGT 53 1 0 CC ?7 +- +- CC CC CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 22 31491295 G ATGGAA[G]CAGAGC 53 1 10 CG ?7 + +- CC CC CG CG CG CG 0:1:1:0 0:1:1:0 0:1:1:0 0:1:1:0 0:2:1:0 0:2:1:0 0:2:2:0 0:2:2:0 0:2:5:0 0:2:5:0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 0 4 1 0 0 0 0 0 0 2 0 4 1 0 0 0 0 22 31491332 C TGGAAG[C]GGCCAA 61 1 0 CC ?7 + + CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 22 31655196 G ACTGGT[G]CAGCAT 53 1 2 GG ?7 +- +- GG GG 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:4:0 0:0:4:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 22 31658205 C CCCGTC[C]GCACAC 76 1 2 CC ?7 +- +- CC CC CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0:5:0:0 0:6:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 22 31663842 C GAACCT[C]CTGACA 53 1 4 GG ?5 +- +- GG GG GG GG GG GG GG GG CG CG 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:3:0 0:0:3:0 0:0:3:0 0:0:3:0 0:0:4:0 0:0:4:0 0:3:5:0 0:3:5:0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 3 2 3 0 0 0 0 22 33670584 G GTAGGC[G]TTGGGC 69 1 1 GG ?7 - - GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:3:0 0:0:3:0 0:0:4:0 0:0:4:0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 22 33673125 C CAGTCA[C]GTCTCA 53 1 2 CC ?7 +- +- CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC 0:4:0:0 0:5:0:0 0:4:0:0 0:5:0:0 0:4:0:0 0:5:0:0 0:4:0:0 0:5:0:0 0:5:0:1 0:6:0:1 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3 0 0 1 0 0 0 0 0 3 3 0 0 1 0 0 0 22 34000460 G CACAGC[G]GGCACC 76 1 3 GG ?2 + + GG GG 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:8:0 0:0:8:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 1 0 0 0 0 22 34000484 C GAAGAG[C]GTGGCC 69 1 6 CC ?7 +- +- CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC 0:2:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0:7:0:0 0:7:0:0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0 0 0 22 34022284 G GTATCC[G]GCGCAG 69 1 2 AA ?5 +- +- AA AA AA AA AA AA AA AA AG AG 3:0:1:0 3:0:1:0 3:0:1:0 3:0:1:0 4:0:1:0 4:0:1:0 5:0:1:0 5:0:1:0 5:0:3:0 5:0:3:0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 1 3 0 0 0 1 0 0 0 0 1 3 0 0 0 1 0 0 0 0 1 4 0 0 0 1 0 0 0 0 1 4 0 0 0 1 0 0 0 0 1 4 0 0 2 1 0 0 0 0 1 4 0 0 2 1 0 0 0 0 22 39095987 A CACACA[A]CTCATG 46 500 2 AA ?4 +- +- AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA 1:0:0:0 1:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 5:0:0:0 5:0:0:0 8:0:0:0 8:0:0:0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 22 39440149 C AGTGCG[C]CCCACC 76 3 7 TT ?7 - - TT TT CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:1 0:0:0:1 0:2:0:1 0:3:0:1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 2 0 0 0 1 0 0 22 39627630 G CACCTG[G]ACAGGT 61 1 3 GG ?7 +- +- GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0:0:3:0 0:0:3:0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 22 40283427 A TCATCT[A]TGTGCT 38 1 1 AA ?7 +- +- AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA 3:0:0:0 3:0:0:0 3:0:0:0 3:0:0:0 4:0:0:0 4:0:0:0 5:0:1:0 5:0:1:0 6:0:1:0 6:0:1:0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3 0 0 1 0 0 0 0 0 2 3 0 0 1 0 0 0 0 0 2 4 0 0 1 0 0 0 0 0 2 4 0 0 1 0 0 0 0 0 22 40417495 C CAAGTA[C]GCCTTG 53 1 1 CC ?7 +- +- CC CC CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 22 40417571 G GCGGGC[G]GCAACC 84 1 1 GG ?7 +- +- GG GG 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:2:0 0:0:2:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 22 40417780 C CCGAAA[C]GGCATG 61 1 1 CC ?7 + + CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 22 40417820 A CCCGCC[A]GGCGCT 84 1 1 AA ?7 +- +- AA AA AA AA 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 22 40417943 G CCCAAC[G]AGAATT 46 1 1 GG +- +- GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:5:0 0:0:5:0 0:0:7:0 0:0:8:0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 0 22 45312244 G GGCGGC[G]GCATTG 76 1 2 GG ?7 - - GG GG GG GG 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0:0:1:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 22 45312345 C GGCTGC[C]GGGCGC 92 1 0 CC ?7 + + CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 22 50616806 A TGGGCT[A]GGCCTG 69 1 2 AA ?7 +- +- AA AA AA AA AA AA AA AA 0:0:0:0 0:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 2:0:0:0 2:0:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 22 21998280 G CTGTGC[G]CTTCCA 61 1 4 AG ?7 +- +- AG AG AG AG 1:0:1:0 1:0:1:0 1:0:1:0 1:0:1:0 1:0:1:0 1:0:1:0 2:0:2:0 2:0:2:0 2:0:4:0 2:0:4:0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 3 1 0 0 0 0 1 1 0 0 3 1 0 0 0 0 22 22318354 T GCGTCA[T]GGCCTT 61 1 1 TT ?7 +- +- TT TT TT TT TT TT TT TT 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:1 0:0:0:1 0:0:0:2 0:0:0:2 0:1:0:4 0:1:0:4 0:1:0:4 0:1:0:4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 2 2 0 0 0 0 1 0 0 0 2 2 0 0 0 0 1 0 0 0 2 2 0 0 0 0 1 0 0 0 2 2 0 0 22 24580807 C CAACTC[C]GGCTCT 61 1 2 CC ?7 +- +- CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:1:0:0 0:2:0:0 0:2:0:0 0:5:0:0 0:6:0:0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1 0 0 0 0 0 0 22 24580897 C AAATTA[C]GCAGGG 46 1 4 CC ?7 +- +- CC CC CC CC 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:3:0:0 0:3:0:0 0:7:0:0 0:7:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 0 0 0 0 22 45279003 G GGGTGT[G]TGGCTG 69 1000 2 AA ?8 - - AA AA 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 0:0:0:0 1:0:0:0 1:0:0:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
^top